Agjencia Kombëtare e Ekonomisë së Mbetjeve ka si mision të sigurojë:

a) koordinimin, monitorimin dhe bashkëpunimin me njësitë e qeverisjes vendore (NJQV), institucionet e administratës publike dhe partnerët ndërkombëtarë në menaxhimin e integruar të mbetjeve, me qëllim kalimin e këtij sektori në ekonomi qarkulluese;

b) promovimin dhe nxitjen e zbatimit të hierarkisë së mbetjeve për zhvillimin gradual të grumbullimit përmes ndarjes në burim e riciklimit në shkallë të gjerë dhe monitorimin e implementimit të standardeve dhe edukimin mjedisor, në përputhje me kompetencat e përcaktuara në këtë vendim dhe dispozitat në ligjin përkatës për menaxhimin e integruar të mbetjeve.